Um sich von dem neuen Wraith Schiff einen Eindruck machen zu können, unternimmt das Atlantis Team einen Erkundungsflug. Doch der Schock sitzt tief, als man feststellt, dass das Schiff seine Vorgänger an technologischem Fortschritt bei weitem übertrifft. Es kommt zum Gefecht. Inmitten des Kampfgeschehens kann eine kodierte Nachrichte der Wraith mit den Erdkoordinaten abgefangen werden.
Kurz darauf lässt das feindliche Schiff das Atlantis Team hinter sich. Das Ziel: die Erde.
Eine riesige Energiewolke bewegt sich auf die Erde zu. Unter dem Kommando von Captain Kirk soll das Raumschiff „U.S.S. Enterprise“ das gefährliche Phänomen untersuchen.
Die Erde ist in Gefahr, mehrere Raumschiffe und eine Raumstation wurden bereits zerstört. Im Inneren der Wolke scheint sich eine Intelligenz zu befinden, die konkrete Ziele verfolgt.
Der erste Kinofilm der erfolgreichen... Star Trek: Der Film